Подпомага министъра на околната среда и водите при осъществяване на управление на водите на национално ниво, в изпълнение на целта на Закона за водите за осигуряване на интегрирано управление на водите в интерес на обществото и за опазване на здравето на населението.
При осъществяване на консултативно-експертните си функции разглежда въпроси в сферата на управлението на водите, когато това е предвидено в нормативен акт и/или заповед на министъра на околната среда и водите, като подпомага формирането на позиции, дава становища, прави препоръки и изготвя предложения.